Kurikulum dan Silabi

Program Studi Magister Bioteknologi memiliki 3 (tiga) bidang kajian yaitu:

  • Rekayasa genetik baik tanaman, hewan maupun mikroorganisme;
  • Rekayasa metabolit, kajian yang berkaitan dengan modifikasi metabolit tanaman, hewan maupun mikroorganisme secara molekular untuk menghasilkan senyawa yang lebih fungsional; dan
  • Rekayasa bioproses yang terfokus pada rekayasa kondisi lingkungan tumbuh tanaman, hewan maupun mikroorganisme untuk peningkatan produktivitas metabolit yang dihasilkan.

Daftar Silabi

  1. Prinsip Bioteknologi (PBU 2101/2-0 sks)

Mata kuliah Prinsip Bioteknologi ini ditujukan untuk memberikan pemahaman pada mahasiswa secara mendasar dan lebih luas mengenai prinsip dasar bioteknologi dan pemanfaatannya. Pokok bahasan dalam perkuliahan ini akan ditekankan pada penguraian proses dasar bioteknologi dan pemanfaatan bioteknologi pada beberapa bidang kajian, baik bidang pertanian, kesehatan-farmasi, industri dan lingkungan, serta pengaturan/regulasi produk bioteknologi. Materi yang akan diberikan dalam kegiatan perkuliahan Prinsip Dasar Bioteknologi ini antara lain: 1) Bioteknologi: pengertian dan perkembangan bioteknologi, 2) Organisasi genom DNA dan dogma sentral biologi, 3) Teknologi DNA Rekombinan, 4) Transformasi genetik, 5) Aplikasi bioteknologi pada bidang  pertanian, kesehatan-farmasi, industri dan lingkungan, 6) Pengenalan regulasi produk rekayasa genetika.

Dosen Pengampu: Prof. Bambang Sugiharto, Prof. Tri Agus Siswoyo, Dr.rer.biol.hum. dr. Erma Sulistyaningsih, M.Si

  1. Biokimia dan Biologi Molekuler (PBU 2102/2-0 sks)

Mata kuliah ini lebih menekankan kearah integrasi perkembangan prinsip, method dan hasil penelitian dibidang biokimia dan biologi molekul. Subjek pengembangan diarahkan ke 1) Jalur dan enzim utama pada metabolisme karbohidrat; 2) Jalur dan enzim utama pada metabolisme lipid; 3) Jalur dan enzim utama pada metabolisme nitrogen; 4) replikasi DNA dan sintesis RNA; 5) Kode genetik dan sintesis protein; dan 6) respirasi dan photosintesis. Reference utama yang digunakan adalah biochemistry dan Molekular Biology.

Dosen Pengampu : Prof. Tri Agus Siswoyo, Dr. Hardian Susilo Addy dan Dr. Widhi D Sawitri

  1. Rekayasa Genetik dan Bioinformatika (PBU 2103/2-0 sks)

Mata kuliah ini berisi tentang Perkembangan Rekayasa Genetika dan Bioinformatika, Teknik Isolasi materi genetik dan memperbanyak materi genetik PCR dan RTPCR, Real Time RT-PCR, Analisa Hasil PCR, Vektor Plasmid dan Rekayasa, Plasmid, Enzim & Peranannya dalam manipulasi DNA, Mikroorganisme Inang Pembawa Plasmid / Vektor Kloning, Teknik Transformasi DNA Plasmid Ke dalam Sel Inang & Teknik Seleksinya, Teknik transformasi DNA dengan Agrobacterium dan Bombardment, Analisa ekspresi gen, Aligment DNA dan Protein dari DNA terpilih, Prediksi Ukuran Protein, Blast data DNA dan Protein.

Dosen Pengampu: Dr. Sholeh Avivi; Dr. Moch Ubaidilah dan Dr. Didik Pudji Restanto

  1. Propagasi Sel (PBU 2104/2-0 sks)

Mata kuliah ini digunakan untuk memperluas wawasan mengenai kemajuan teknologi mikropropagasi         sel tanaman, hewan dan manusia secara in vitro. Mendapatkan informasi yang paling mutakhir dan berperan sangat penting untuk meningkatkan kualitas kehidupan manusia.  Materi yang dibahas dalam kuliah propagasi sel meliputi pengertian dasar propagasi, teori propagasi sel hewan, tanaman dan manusia serta faktor-faktor yang mempengaruhi (sumber eksplan, media, kendala), Macam kultur sel tanaman (kultur suspensi, produksi metabolit sekunder, kultur anther dan polen, somatic embryogenesis,cryopreservasi),  Propagasi sel hewan               (metode propagasi sel hewan, keuntungan dan kerugian propagasi sel hewan, teknik cloning pada sel hewan), Propagasi sel manusia ( metode propagasi sel manusia, stem sel untuk keperluan medis, pro dan kontra metode propagasi sel manusia).

Dosen Pengampu : Dr. Parawita Dewanti dan Dr.drg. Banun Kusumawardani M.Kes

  1. Deteksi Molekuler I (PBU 2205/0 -2 sks)

Mata praktikum deteksi molekuler  ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk mengetahui teknik untuk mendeteksi secara molekuler pada tanaman tebu transgenic,  pedeteksian SCMV pada tanaman tebu, pendeteksian GMO dari bahan pangan, bidang kesehatan, farmasetikel dan kimia.  Materi yang dibahas dalam kuliah praktikum deteksi molekuler  meliputi isolasi DNA, RNA, PCR, RT PCR, elisa dan westhern blot.

Dosen Pengampu : Wahyu Indra F, Ph.D ; Dr. Tri Handoyo;  Dr. Widhi D Sawitri dan Moch. Ubaidillah, Ph.D

  1. Deteksi Molekuler II (PBU 2201/0 -2 sks)

Mata praktikum deteksi molekuler  ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk mengetahui teknik untuk mendeteksi secara molekuler pada tanaman tebu transgenic,  pedeteksian SCMV pada tanaman tebu, pendeteksian GMO dari bahan pangan, bidang kesehatan, farmasetikel dan kimia.  Materi yang dibahas dalam kuliah praktikum deteksi molekuler  meliputi isolasi DNA, RNA, PCR, RT PCR, elisa dan westhern blot.

Dosen Pengampu : Wahyu Indra F, Ph.D ; Dr. Tri Handoyo;  Dr. Widhi D Sawitri dan Moch. Ubaidillah, Ph.D 

  1. Rekayasa Bioproses (PBU 2202/2-0 sks)

Fokus mata kuliah ini adalah rekayasa pertumbuhan sel mikroba, hewan atau tanaman untuk menghasilkan produk bioteknologi.  Kajian mata kuliah meliputi teknik isolasi, identifikasi, preservasi mikroba dan strain development; kinetika fermentasi: batch, fed-batch, dan continuous; bioreactor: desain operasional dan aplikasinya;  teknik optimasi bioproses; dan teknik immobilisasi sel.

Dosen Pengampu: Dr. Jayus, Dr. Yuli Witono dan Dr. Nurhayati.

  1. Regulasi Produk Rekayasa Genetik (PBU 2203/1-0 sks)

Dalam kuliah ini akan dibahas tentang perundangan dan pelabelan produk rekayasa genetik; tahapan pengujian, sertifikasi dan pengajuan ijin pelepasan produk rekayasa genetik.

Dosen Pengampu : Prof. Dr. Bambang Sugiharto; Prof. Tri Agus Siswoyo dan Dr. Hardian Susilo Addy.

  1. Metodologi Ilmiah (PBU 2204/2-0 sks)

Melalui mata kuliah ini peserta belajar akan mendapat pemahaman tentang konsep metode ilmiah, membedakan antara disain penelitian dan metode penelitian ilmiah, bagaimana menyusun penelitian, bagaimana cara me-refer dan men-cite dari literatur ilmiah. Peserta belajar akan mendapatkan pengalaman dalam mereview literature dan referensi literature ilmiah yang relevan, dan merumuskan rencana penelitian,memahami cara pelaporan hasil penelitian serta mempresentasikannya.

Dosen Pengampu: Dr. Bambang Piluharto, SSi, MSi; Drs. Zulfikar, PhD dan Drs. Sudarko, PhD.

  1. Biostatistik (PBU 2205/2 – 0 sks)

Matakuliah ini berisikan tentang perkembangan dan aplikasi metode statistika dalam menganalisa dan memecahkan masalah dibidang bioteknologi dan penelitian dibidang bioteknologi. Kuliah ini memberikan pemahaman dan ketrampilan pokok tentang ilmu biostatistik yang menjadi salah satu kompetensi dasar (core competencies) bagi seseorang dengan gelar Master of biotechnology (M.Biotek). Konsep-konsep pokok ilmu biostatistik akan diajarkan dengan mengambil contoh-contoh permasalahan bioteknologi. Oleh karena itu diperlukan cara-cara pengajaran yang berorientasi pada masalah, sehingga sesuai dengan kompetensi yang diperlukan.

Dosen Pengampu: Dr. Alfian Futuhul Hadi, M.Si; Dr. Didik Pudji Restanto dan Dr. Sholeh Avivi

  1. Interaksi Tanaman dan Mikroorganisme (PBT 2101/2 – 0 sks)

Matakuliah ini berisi tentang pengenalan macam-macam interaksi antara tanaman dengan mikroorganisme baik yang bersifat parasitisme maupun mutualisme termasuk mekanisme simbiosis yang terjadi berserta contoh-contoh kasusnya. Selain itu juga dipelajari mekanisme interaksi baik dari aspek morfologis, fisiologis, biokimia maupun molekuler seperti respon tanaman terhadap interaksinya dengan mikrob baik yang bersifat kompatible maupun inkompatible seperti mekanisme pertahanan dan ketahanan tanaman termasuk terinduksinya ketahanan dan pertumbuhan tanaman.

Dosen pengampu: Dr. Hardian susilo Addy; Prof. Wiwiek Sri Wahyuni dan Dr. Erlia Narulita.

  1. Fisiologi Molekuler Tanaman (PBT 2102/2 – 1 sks)

Mata kuliah ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperoleh pengertian dan pemahaman yang lebih mendalam mengenai proses fisiologis pada tanaman. Dalam pelaksanaannya, kegiatan perkuliahan ini akan membahas beberapa proses fisiologis terpenting dalam  tanaman dengan menitikberatkan pada fungsi dan proses fisiologi yang ditinjau dari sisi molekuler.  Materi yang akan disampaikan dalam perkuliahan ini antara lain: (1) Sel dan Fungsi Organel, (2) Bioenergitika Tanaman: Fotosintesa dan Respirasi, (3) Metabolisme Karbon, Nitrogen, dan Sulfur, (4) Penerimaan Sinyal dan Proses Transduksi, (5) Fungsi dan Biosintesa Hormon Tanaman, (6) Respon Terhadap Cekaman Lingkungan. Materi telaah jurnal dengan bahasan salah satu materi kuliah yang telah disampaikan juga akan diberikan. Pemberian materi ini bertujuan agar para mahasiswa dapat memperoleh pengetahuan tentang kemajuan terkini dari pokok bahasan yang telah dijadikan materi dalam kegiatan perkuliahan.

Dosen Pengampu: Prof. Bambang Sugiharto; Dr. Wahyu Indra F; Dr. Netty Ermawaty dan Dr. Agung Nugroho Puspito

  1. Biosintesis Metabolit Primer dan Sekunder (PBA 2101/2 – 0 sks)

Mata kuliah ini lebih menekankan kearah korelasi biosintesi senyawa utama (prime metabolisme )  dan senyawa kedua (secondary metabolisme) dan stuktur dasar perkembangan prinsip, method dan hasil penelitian dibidang biokimia dan biologi molekul. Subjek pengembangan diarahkan ke 1) Jalur dan enzim utama pada metabolisme karbohidrat; 2) Jalur dan enzim utama pada metabolisme lipid; 3) Jalur dan enzim utama pada metabolisme nitrogen; 4) replikasi DNA dan sintesis RNA; 5) Kode genetik dan sintesis protein; dan 6) respirasi dan photosintesis. Reference utama yang digunakan adalah biochemistry dan Molecular Biology.

Dosen Pengampu: Dr. Tri Handoyo; Dr. Anak Agung Istri Ratnadewi, S.Si,M.Si dan Ari Satia Nugraha, Ph.D Apt.

  1. Rekayasa Metabolik (PBA 2102/2 – 1 sks)

Mata kuliah ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperluas wawasannya mengenai Rekayasa Metabolit. Materi yang dibahas dalam kuliah Rekayasa Metabolit meliputi mutasi gen pengkode enzim dan pengaruhnya, Chimeric Enzyme, Carbohydrate Binding Module (CBM), pengembangan enzim sebagai improver, amobilisasi enzim, kombinasi karbohidrat dengan senyawa lain untuk meningkatkan efek imun dan  peptida sebagai antioksidan.

Dosen Pengampu: Dr. Ir Jayus dan Dr. Nurhayati

  1. Tehnologi Terapi Gen (PBK 2101/2 – 0 sks)

Mata kuliah ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperluas wawasannya mengenai konsep terapi gen dan peran pentingnya dalam meningkatkan kualitas kehidupan manusia terutama di bidang kesehatan. Materi yang dibahas dalam kuliah Teknologi Terapi Gen meliputi Pendekatan Terapi Gen, Issue Etik Terapi Gen, Gene Targetting, Gene Trapping, Gene Delivery System, Invivo Gene Therapy, Cancer Gene Therapy, Pendekatan Molekular Penemuan Obat dan Desain Obat baru.

Dosen Pengampu: Dr.rer.biol.hum. dr. Erma Sulistyaningsih, M.Si dan Dr.drg. Banun Kusumawardani M.Kes

  1. Inovasi Biofarmaseutikal (PBK 2102/1 – 0 sks)

Mata kuliah ini berisi teori tentang perkembangan teknologi biofarmaseutikal, teori dasar pengembangan dan kemajuan biofarmaseutikal. Materi perkuliahan dibagi kedalam beberapa pokok bahasan yaitu 1) konsep dan teknologi biofarmasetical 2) strategi dalam pengembangan obat berbasis peptida, protein dan asam nukleat berkaitan dengan cara pemberian dan target penggunaan 3) strategi dalam pengembangan obat berbasis secondary product (plant, microbia etc) berkaitan dengan cara pemberian dan target penggunaan pendekatan formulasi dalam uji coba klinis terbaru pada produk-produk yang beredar dipasaran 4) pendekatan terbaru dalam menghadapi tantangan biofarmasetika.

Dosen Pengampu: Prof. Tri Agus Siswoyo dan Ari Satia Nugraha, Ph.D Apt.

  1. Immunologi (PBK 2103/2 – 0 sks)

Mata kuliah ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperluas wawasannya mengenai konsep-konsep imunologi yang terbaru dan peran pentingnya dalam meningkatkan kualitas kehidupan manusia terutama di bidang kesehatan. Materi yang dibahas dalam kuliah Immunologi meliputi Konsep Dasar Sistem Imun, Macam-macam Imunitas, Sel dan Organ yang terlibat dalam Sistem Imun, Reaksi Antigen-Antibodi, Sistem Komplemen, Hipersensitivitas, Sitokin dan reseptornya, Regulasi Respon Imun, Prinsip Vaksinasi dan Imunologi Tumor.

Dosen Pengampu: Dr.rer.biol.hum.dr. Erma Sulistyaningsih, M.Si dan   Prof.Dr. drg. I Dewa Ayu Ratna Dewanti, MSi

  1. Enzimologi (PBP 2201/2 – 0 sks)

Mata kuliah ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperluas wawasannya mengenai fungsi dan karakteristik dasar serta pembentukan dari enzim. Prinsip katalitik dan mekanisme reaksi enzim. Kinetika enzim (steady state dan pra kondisi mapan) dan penghambatan (reversibel dan ireversibel). Inhibitor transition state.Pengikatan energi dan katalisis. Metode praktis dalam enzim, misalnya untuk studi kinetika enzim dan mekanisme reaksi, deteksi intermediet, aktif-sit. Efek lingkungan pada enzim, misalnya pH, suhu, pelarut organik. rekayasa protein, tujuan dan strategi. Kursus ini memiliki banyak langkah praktis dalam perencanaan kedalaman percobaan, pencarian informasi menekankan pada struktur. Setiap siswa harus hadir studi di salah satu enzim dalam laporan tertulis dan lisan.

Dosen Pengampu: Dr. Anak Agung Istri Ratnadewi, S.Si, M.Si; Dr. Tri Handoyo dan Dr. Widhi D Sawitri 

  1. Virologi (PBP 2202/2 – 0 sks)

Mata kuliah ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperluas wawasannya mengenai konsep-konsep virologi yang terbaru dan peran pentingnya dalam meningkatkan kualitas kehidupan manusia di berbagai bidang. Materi yang akan diberikan meliputi konsep virus dan taxonomynya, Klasifikasi virus, Virus-virus penyebab infeksi pada manusia, hewan dan tumbuhan dan patogenesisnya, virus-virus penyebab kanker (Oncogenic Virus), berbagai macam Vaksin virus dan konsep Prion.

Dosen Pengampu: Dr.rer.biol.hum. dr. Erma Sulistyaningsih; Prof. Dr. Wiwiek Sriwahyuni dan Dr. Hardian susilo Addy

  1. Bioteknologi Perlindungan Tanaman (PBP 2203/2 – 0 sks)

Mata kuliah ini memberikan kesempatan bagi mahasiswa untuk memperoleh pengertian, pemahaman teoritis dan aplikatif tentang bioteknologi perlindungan tanaman. Dalam pelaksanaannya, kegiatan perkulihan menitikberatkan pada prinsip, method, hasil penelitian dan peran bioteknologi dalam menjawab tantangan jaman. Subjek pembelajaran diarahkan pada ke 1) Perkembangan dan pemanfaatan bioteknologi dalam perlindungan tanaman; 2) Bioteknologi perlindungan tanaman terhadap Hama dan Gulma; 3) Bioteknologi terhadap patogen (PDR Technology); 4) Plant-free Pathogen; 5) Bioteknologi perlindungan tanaman terhadap patogen berbasis molekular agensia hayati.

Dosen Pengampu: Prof. Dr. Wiwiek Sriwahyuni dan Dr. Hardian susilo Addy, Dr. Erlia Narulita, Dr. Agung Nugroho Puspito. 

  1. Mikrobiologi Industri (PBP 2204/2 – 0 sks)

mata kuliah ini membahas tentang eksploitasi mikroorganisme untuk kepentingan industri komersil yang meliputi kajian fisiologi sel mikroba serta manipulasinya baik secara mutasi konvensional (radiasi dan seleksi) maupun mutakhir (rekayasa genetika, fusi sel) untuk memproduksi metabolit primer dan sekunder yang merupakan produk-produk farmaseutikal, makanan, minuman, kimia dan energi. Beberapa pendekatan menuju industrialisasi mikroba juga dibahas dalam bahan kuliah ini.

Dosen Pengampu: Dr. Nurhayati, S.TP., M.Si.; Dr. Anak Agung Istri Ratnadewi, S.Si,M.Si dan Dr. Ir. Jayus.

  1. Enterpreneur Bioteknologi (PBP 2205/1 – 0 sks)

Matakuliah Entrepreneur Bioteknologi membahas tentang peluang dan motivasi untuk mau dan mampu mengubah suatu ide atau penemuan dibidang bioteknologi menjadi produk dan model bisnis yang inovatif. Dengan memberikan karakter spesifik bidang bioteknologi berupa ceramah pakar di bidang bioteknologi dan model pendalam kasus bioteknologi yang berpeluang bisnis.

Dosen Pengampu: Prof. Dr. Rudi Wibowo; Prof. Tri Agus Siswoyo dan Prof. Bambang Sugiharto